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xBASE, a collection of online databases for bacterial comparative genomics

机译:xBASE,细菌比较基因组学在线数据库的集合

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摘要

The schema of the previously described Escherischia coli database coliBASE has been applied to a number of other bacterial taxa, under the collective name xBASE. The new databases include CampyDB for Campylobacter, Helicobacter and Wolinella; PseudoDB for pseudomonads; ClostriDB for clostridia; RhizoDB for Rhizobium and Sinorhizobium; and MycoDB, for Mycobacterium, Streptomyces and related organisms. The databases provide user friendly access to annotation and genome comparisons through a web-based graphical interface. Newly developed features include whole genome displays, ‘painting’ of genes according to properties such as GC content, a pattern search system to identify conserved motifs and batch BLAST searching of every protein encoded by a region. Examples of how the databases have been, and continue to be, used to generate hypotheses for subsequent laboratory investigation are presented. xBASE is available online at .
机译:先前描述的大肠埃希氏大肠杆菌数据库coliBASE的架构已以集体名称xBASE应用于许多其他细菌类群。新数据库包括用于弯曲杆菌,幽门螺杆菌和沃林氏菌的CampyDB;伪数据库的PseudoDB; ClostriDB用于梭状芽胞杆菌; RhizoDB用于根瘤菌和中华根瘤菌;和MycoDB,用于分枝杆菌,链霉菌和相关生物。该数据库通过基于Web的图形界面提供用户友好的注释和基因组比较访问。新开发的功能包括全基因组显示,根据GC内容等属性对基因进行“绘制”,用于识别保守基序的模式搜索系统以及对区域编码的每种蛋白质进行批量BLAST搜索。给出了如何以及如何继续使用数据库生成假设以进行后续实验室研究的示例。 xBASE可从以下网站在线获得。

著录项

  • 作者单位
  • 年度 2006
  • 总页数
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 {"code":"en","name":"English","id":9}
  • 中图分类

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